インストール
まず
ここでダウンロードしてくる。回答してファイル内のsrcに移動後,makeでインストールする。
私の場合以下のようなエラーがでた。
ld: library not found for -lcrt0.o
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [augustus] Error 1
調べるといくつかのキーワードが・・・gccとかicc・・コンパイラが問題?・・まぁ素人には意味わからん。
でも解決策はあって,srcファイル内のMakefile内に書かれている-staticの文字(私やった時は2か所あった)
を取り除いて再度makeをたたけばきちんとインストールされる。
方法
ココを参考にしてます。
intron hintsの取得
イントロン情報を得るため,tophatでmappingします。
indexの作成
bowtie2-build genome.masked.fa genome_database |
Mapping
tophat2 -p 4 genome_database rnaseq_R1.fastq rnaseq_R2.fastq |
Filtering raw alignments
samtools sort -n accepted_hits.bam accepted_hits.s
filterBam --uniq --paired --in accepted_hits.s.bam --out accepted_hits.sf.bam
samtools view -H output_directory/accepted_hits.sf.bam > header.txt |
sortする
samtools sort accepted_hits.sf.bam both.ssf |
イントロン情報を抽出
bam2hints --intronsonly --in=both.ssf.bam --out=hints.gff |
参考サイト
CDSpart hintの取得
参考サイト
Nonexonpart hintの取得
参考サイト
parametersを準備
[SOURCES]
M RM E W
exonpart 1 .992 M 1 1e+100 RM 1 1 E 1 1 W 1 1.005
intron 1 .34 M 1 1e+100 RM 1 1 E 1 1e5 W 1 1
CDSpart 1 1 0.985 M 1 1e+100 RM 1 1 E 1 1 W 1 1
UTRpart 1 1 0.985 M 1 1e+100 RM 1 1 E 1 1 W 1 1
nonexonpart 1 1 M 1 1e+100 RM 1 1.01 E 1 1 W 1 1
Augustusの実行
augustus --species=yourSpecies --extrinsicCfgFile=extrinsic.cfg --alternatives-from-evidence=true
--hintsfile=hints.gff --allow_hinted_splicesites=atac --introns=on --genemodel=complete genome.fa > aug1.out |
パラメーターを補正
gff2gbSmallDNA.pl both.gff genome.fa 10000 both.gb |
optimize_augustus.pl --species=yourSpecies genes.gb.train |
etraining --species=yourSpecies genes.gb.train |
Augustusの再実行
augustus --species=yourSpecies --extrinsicCfgFile=extrinsic.cfg --alternatives-from-evidence=true
--hintsfile=hints.gff --allow_hinted_splicesites=atac --introns=on --genemodel=complete genome.fa > aug1.out |