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使い方

1. アセンブルされたcontigに対し，マッピングを行う。

Trinity_home/util/align_and_estimate_abundance.pl --seqType fq --left sample1_R1.fastq --right sample1_R2.fastq --transcripts trinity_out_dir/Trinity.fasta --output_prefix sample1 --est_method RSEM --aln_method bowtie --trinity_mode --prep_reference

2. サンプル分1. を繰り返す。

Trinity_home/util/align_and_estimate_abundance.pl --seqType fq --left sample2_R1.fastq --right sample2_R2.fastq --transcripts trinity_out_dir/Trinity.fasta --output_prefix sample2 --est_method RSEM --aln_method bowtie --trinity_mode --prep_reference

3. カウントデータをマージする。

Trinity_home/util/abundance_estimates_to_matrix.pl --est_method RSEM --out_prefix Trinity_trans sample1.isoforms.results sample2.isoforms.results sample3.isoforms.results sample4.isoforms.results

4. edgeRを用いて，発現変動遺伝子を同定する。

Trinity_home/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl --matrix Trinity_trans.count.matrix --method edgeR