ABySSのインストール前に

　ABySSを実行させるにはgccのバージョンを4.3.0以上にする必要があります。
　$ gcc -v
　でバージョンの確認をしてください。
　アップグレードはgccのインストール方法を見てください

ABySSのインストール方法

1. ABySS 1.2.7をダウンロードして展開します。
2. google sparsehash 1.10もダウンロードして展開します。ABySSとsparsehashのバージョン相性がありそうなので注意して下さい。
3. sparsehashを先にインストールします。

   cd sparsehash-1.10/ ; ./configure && make && sudo make install

4. 画面に、install -c コマンドのログが表示されていればsparsehashが入っていますので、次の作業に進めます。
5. configureの時にABySSの挙動を指定します。詳しくはREADMEを読んで見て下さい。

   cd abyss-1.2.7; ./configure --enable-maxk=128

6. makeします。make一発だとなぜか上手くいかないので、警告オプションを付加します。

   make AM_CXXFLAGS=-Wall && sudo make install

7. abyssが動いてそうなのがチェックできたら、終わりです。

   /usr/local/bin/abyss --version

ABySSの実行

Single-end assemblyの時

assemblしたい配列　 reads.fa
アウトプットしたい名前　contigs.fa

ABYSS -k25 reads.fa -o contigs.fa

パラメーターでｋ値を指定するがどの値がいいか一概に言えない。
その為，一度K値を以下の方法で振ってみる。

for k in {65..96}; do
ABYSS -k$k reads.fa -o contigs-k$k.fa
done

K値を65から96に振ってみて，そのN50やSumを確認してどれが一番繋がるのか
確認する。

確認方法は以下のコマンドで確認できる。

abyss-fac contigs.fa

感想

　454で1run分の140万readの配列をアセンブルさせましたが，所要時間は約30分で終わって，
メモリも6GBぐらいで済みました。他のアセンブラーを使った事ないので結果は分かりませんが・・・

参考文献

ABySS - SEQwiki