bedtoolsはbam形式のファイルをbed形式のファイルに変更したり，得られたbedを用いて遺伝子範囲にどのくらいのリードがあるのかカウントできたりと，様々な役割がある。

インストール方法

使い方

1. bamからbedに変換

bamToBed -i filename.bam > filename.bed

2.bedからbamに変換

bedToBam -i <BED/GFF/VCF> -g <GENOME> > filename.bam

3. bedからfastaに変換

fastaFromBed [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF> -fo <output FASTA>

[options]
-name: bed fileの三列目が，fastaの名前に変更できる。

4. 複数のbedをまとめる

mergeBed -i <BED/GFF/VCF>

５．レファレンスのbed範囲内に，どのくらいのリードが張り付いたかカウントする

intersectBed -a reference.bed -b sample.bed -c > sample.count

6. もっとも近い領域を探す

closestBed [OPTIONS] -a <BED/GFF/VCF> -b <BED/GFF/VCF>

[options]
-d :距離が明記される