BLASTの保存にはWindowsとMacで少々異なる。BLASTとBLAST＋と２種類あって自分の計算機（mac）ではBLAST+，研究所の計算機はBLAST使ってます。ここでBLASTをダウンロードしてください。私はmacなのでncbi-blast-2.2.25+-universal-macosx.tar.gzをダウンロードしました。
まずBLASTする前に検索する配列をフォーマットしなくてはいけません。ここに様々なデータが提供されています。nrと付いているのは核酸，ntはタンパク質のnonredundantな配列です。かなりの容量があります。なので私は全生物のモデル生物と呼ばれる生物のデータベースを自分で作りました。大腸菌，酵母，線虫，シロイヌナズナ，マウスなどなど。これを作る上で非常に役に立ったのは基礎生物学研究所の内山先生のサイトでした。真正細菌メインですが足りない分は他のデータベースから持ってきてください。
そしたらメモ帳にそれらの配列を張り付けて一つのファイルにしてください。
UNIX使える人はcat filename*.fasta > output.fastaとかでやった方が楽ちん。
そしたらフォーマットに書いてあるような実行コマンドで実行してください。核酸の時はnucl，タンパク質配列の時はprotです。赤文字は変更する所ではない事を示してます。何やらファイル増えました？？
そしたらBLASTＸ実行します。私がいつもやっているのは
blastx -query (fastaファイル) -db (フォーマットしたfastaファイル) -out (拡張子なしのすきな名前)
-evalue 1e-20 -outfmt 6 -num_threads 6 &
とやっているのがほとんど，詳しい説明は以下に書いてあります。
| 説明 | blast | blast+ |
|---|---|---|
| フォーマット | formatdb -i yeast.aa -p T -o T | makeblastdb -in filename.fasta -dbtype prot (or nucl ) |
| 検索(核酸) | blastall -p blastn -d yeast.nt -i test.txt -o test.out | blastn -db yeast.nt -query test.txt -out test.out |
| 検索(アミノ酸) | blastall -p blastp-d yeast.aa -i test.txt -o test.out | blastp -db yeast.aa -query test.txt -out test.out |
| 検索(核酸から翻訳したアミノ酸) | blastall -p tblastx -d yeast.nt -i test.txt -o test.out | blastx -db yeast.nt -query test.txt -out test.out |
| 複数のデータベースをまとめて検索 | -blastall -p blastn -d "database1 database2" | blastn -db "database1 database2" |
| 出力アラインメント数 | -b 数字 | -num_alignments 数字 |
| E-valueの閾値を指定 | -e 1e-20 | -evalue 1e-20 |
| 検索結果リスト出力数 | -v 数字 | -num_descriptions 数字 |
| タブ区切りテキストで出力 | -m 9 | -outfmt 6 |
| XML形式で出力 | -m 7 | -outfmt 5 |
| 使用するCPU数を調節 | -a 2 | -num_threads 2 |