・マッピング

bsmap -a read1.fq -b read2.fq -d hg19.fa -o out_pair.bsp -p 8 -w 100  -n 1

・メチル化データの出力

python methratio.py --ref=hg19.fa --out=methratio.txt rrbsmap_sample*.sam

・メチル化データの比較

python methdiff.py -o diff.txt -b 1 -d hg19.fa WT.txt siRNA.txt

参考文献

マニュアル