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BWA
インストール方法
ここ
からダウンロードを行う。
使用方法
#参照配列のインデックス化
bwa index reference.fasta
#Singleリードの場合
bwa mem reference.fasta read_R1.fastq > mappig.sam
#Paired-endリードの場合
bwa mem reference.fasta read_R1.fastq read_R2.fastq > mapping_pe.sam
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