Trinityでアセンブルすると，似たような配列があります。それをcd-hitで取り除きます。

インストール先
マニュアル

cd-hit-est -i est_human -o est_human95 -c 0.95 -n 8

Choose of word size:

-n 8,9,10 for thresholds 0.90 ~ 1.0 -n 7 for thresholds 0.88 ~ 0.9 -n 6 for thresholds 0.85 ~ 0.88 -n 5 for thresholds 0.80 ~ 0.85 -n 4 for thresholds 0.75 ~ 0.8