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FASTQ形式データをfrg形式データに変換する

・500±50bpのライブラリーをHiSeqを用いて、Paired-end リード(160bp以下)を取得した場合

fastqToCA -insertsize 500 50 -libraryname Lotus -technology illumina -type sanger -mates R1.fastq, R2.fastq

・500±50bpのライブラリーをMiSeqを用いて、Paired-end リード(160bp以上)を取得した場合

fastqToCA -insertsize 500 50 -libraryname Lotus -technology illumina-long -type sanger -mates R1.fastq, R2.fastq

アセンブルを行う

RunCA

454の場合）sff形式データをfrg形式データに変換する

　454で解析するとsffファイルができると思います。これをceleradで解析するにはfrgファイルに変換しなくてはいけません。そのツールがsffToCAです。インストールしてできた/Derwin-amd64/bin の中に入っていませんか？あとは簡単です。
　　

sffToCA -librayname name_1 - insertsize 3200 900 -trim chop -linker titanium -output name_2.frg file.sff

454の場合）アセンブルを行う

次にfrgデータを用いて、アセンブルしてみましょう。アセンブルにはRunCAを用います。

RunCA -p name_3 -d name_4 useDrid=1 ovlMemory=8GB frgCorrThreads=8 unitigger=bog utgErrorRate=0.03 name_1.frg

参考資料