circos
実行プログラムを上記のwebsiteからダウンロードして，インストールして下さい。
ただ，使い方などよく読まないとまったく理解できません。
一応，パワーポイントで説明していたり，トライアルデータが用意されています。

circos トライアル
私は，直観と感覚で理解する人なので，説明を一切読まず，トライアルをちょこちょこ編集ながら，どういう意味なのか理解していきました。

使い方

今回は，一つの例を挙げて説明していきます。

ゴールは，以下のようなのをイメージしています。
外側から
1. contig長
2. GC content
3. 遺伝子領域
4. 非遺伝子領域
5. DNA-seqのcoverage
6. RNA-seqのcoverage
を1つの図に示したい。

しかしながら，多くのファイルに紐付けされるので，
ちょっと複雑になります。まずは，大本の実行ファイルcircos.confを編集していきます。


---------------------circos.conf----------------------------
show_scatter = yes
show_line = yes
show_histogram = yes
show_heatmap = yes
show_tile = yes
show_highlight = yes
use_rules = yes

<<include colors_fonts_patterns.conf>>

<<include ideogram.conf>>
<<include ticks.conf>>

<image>
<<include etc/image.conf>>
</image>

karyotype = data/length.txt　　　　　＃contig長の情報ファイルを指定する（形式は下記参照）
chromosomes_units = 1000000
chromosomes_display_default = no

chromosomes = sp

<plots>

show = no


######### GC content ###########

<plot>
show = conf(show_line)
type = line
file = data/gc_content.txt　　　　＃GC%の情報ファイルを指定する（形式は下記参照）
orientation = out
thickness = 1
color = green
r0 = 0.850r
r1 = 0.975r
z = 15
</plot>


######## genetic regions #############
<plot>
show = conf(show_heatmap)
type = heatmap
color = blue
file = data/gene.txt　　　　　　　＃遺伝子領域の情報ファイルを指定する（形式は下記参照）
stroke_thickness = 0
scale_log_base = 0.25
r0 = 0.80r
r1 = 0.80r+50p
</plot>

######### TE regions ###########

<plot>
show = conf(show_heatmap)
type = heatmap
color = red
file = data/nonexon.txt　　　　＃非遺伝子領域の情報ファイルを指定する（形式は下記参照）
stroke_thickness = 0
scale_log_base = 0.25
r0 = 0.75r
r1 = 0.75r+50p
</plot>


######### genome coverage ###########
<plot>
show = conf(show_line)
type = line
file = data/bowtie.txt　　　　＃coverageの情報ファイルを指定する（形式は下記参照）
orientation = out
thickness = 1
color = black
r0 = 0.55r
r1 = 0.70r
max = 50000
z = 15
</plot>

######### mapped region (RNA) ###########
<plot>
show = conf(show_line)
type = line
file = data/tophat.txt　　　＃mappingの情報ファイルを指定する（形式は下記参照）
orientation = out
thickness = 1
color = black
r0 = 0.40r
r1 = 0.55r
z = 15
</plot>

</plots>

<<include etc/housekeeping.conf>>
data_out_of_range* = trim

---------------------circos.conf------------------------

contig長の情報

色の指定もできる。もっとわかりやすい指定の方法があったような気がする。

---------------------length.txt---------------------
chr - genome 2 1 59195964 genome
band genome chr1 chr1 1 17826 gneg
band genome chr2 chr2 17826 376910 gpos25
band genome chr3 chr3 376910 984358 gneg
.
.
.
---------------------length.txt---------------------

GC%の情報

今回は500 bpごとのGC%を算出している。
使用したスクリプトこちら

---------------------gc_content.txt---------------------
genome 1 500 38.6
genome 501 1000 41
genome 1001 1500 38.8
.
.
.
---------------------gc_content.txt---------------------

遺伝子領域と非遺伝子領域

---------------------gene.txt---------------------
genome 12286 12647 1
genome 17934 18826 1
.
.
.
---------------------gene.txt---------------------

nonexon.txtも同じ様に領域を指定する。

coverage情報

今回は500 bp毎にマップされたreadをカウントした。
使用したスクリプトはこちら

---------------------bowtie.txt---------------------
genome 1 500 234
genome 501 1000 1337
.
.
.
---------------------bowtie.txt---------------------

tohhat.txtも同じ様に領域を指定する。

完成図

circos.conを実行してすると，以下のような図が得られる。