網羅的解析(DNAメタバーコディング法)

魚類ユニバーサルプライマー(MiFish; Miya et al., 2015)や哺乳類ユニバーサルプライマー(MiMammal; Ushio et al., 2016)、鳥類ユニバーサルプライマー(MiBird; Ushio et al., 2018)が報告されている。

　私は、水生昆虫を含む節足動物ユニバーサルプライマー(gInsect)や有尾類ユニーバーサルプライマー(gSalamander)、二枚貝ユニバーサルプライマー(gClam)を開発しており、サービス化している [お問い合わせ]。

種特異的解析(qPCR法やデジタルPCR法)

環境DNAから外来種や希少種由来のDNAを徳的に検出する方法として、デジタルPCR(dPCR)やqPCR法が用いられている。これまで、以下の生物種を検出するプライマー/プローブが報告されている。

学名	和名	参考文献
魚類
Lepomis macrochirus	ブルーギル	Takahara et al., 2013
Micropterus salmoides	オオクチバス	Yamanaka et al., 2016
Plecoglossus altivelis altivelis	アユ	Yamanaka and Minamoto, 2016
Salvelinus leucomaenis	イワナ	Handa et al., unpublish [お問い合わせ]
Oncorhynchus masou	ヤマメ/サクラマス/ サツキマス	Handa et al., unpublish [お問い合わせ]
Anguilla japonica	ニホンウナギ	Handa et al., unpublish [お問い合わせ]
両生類
Andrias japonicus	オオサンショウウオ	Fukumoto et al., 2015
Andrias davidianu	チュウゴク オオサンショウウオ	Fukumoto et al., 2015
Onychodactylus japonicus	ハコネサンショウウオ	Katano et al., 2017
Hynobius hidamontanus	ハクバサンショウウオ	Handa et al., unpublish [お問い合わせ]
節足動物
Cambaroides japonicus	ニホンザリガニ	Ikeda et al., 2016
Pacifastacus leniusculus	シグナルザリガニ (ウチダザリガニ)	Handa et al., unpublish [お問い合わせ]
Nepa hoffmanni	ヒメタイコウチ	Doi et al., 2017

種特異的解析(LAMP法)

生体量(バイオマス)の予測

　以前までは、閉鎖系の実験から得られた環境DNAとバイオマスの相関式を野外に適応させようとしたが、閉鎖系と開放系では条件が異なり、バイオマスを推定することは困難であった。近年は、直接捕獲した生体のバイオマスと環境DNA量を比較することで、相関が得られることが明らかになってきた(citation)。

参考文献(フォーマットが異なるのはご了承下さい)

Doi H, Katano I, Sakata Y, Souma R, Kosuge T, Nagano M, Ikeda K, Yano K, Tojo K (2017) Detection of
　　an endangered aquatic heteropteran using environmental DNA in a wetland ecosystem.
　　R.Soc.opensci. 4:170568. [LINK]
Fukumoto S, Ushimaru A, Minamoto T. A basin-scale application of environmental DNA assessment for
　　rare endemic species and closely related exotic species in rivers: A case study of giant salamanders in
　　Japan. Journal of Applied Ecology 2015;52(2) 358-365. LINK
Ikeda K, Doi H, Tanaka K, Kawai T, Negishi JN. Using environmental DNA to detect an endangered crayfish
　　Cambaroides japonicus in streams. Conservation Genetics Resources 2016;8(3), 231?234. [LINK]
Katano I, Harada K, Doi H, Souma R, Minamoto T (2017) Environmental DNA method for estimating
　　salamander distribution in headwater streams, and a comparison of water sampling methods. PLoS ONE
　　12(5): e0176541. [LINK]
Miya M, Sato Y, Fukunaga T, Sado T, Poulsen JY, Sato K, Minamoto T, Yamamoto S, Yamanaka H, Araki H,
　　Kondoh M, Iwasaki W. MiFish, a set of universal PCR primers for metabarcoding environmental DNA
　　from fishes: detection of more than 230 subtropical marine species. R Soc Open Sci. 2015:2(7)
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Takahara T, Minamoto T, Doi H. Using Environmental DNA to Estimate the Distribution of an Invasive Fish
　　Species in Ponds. PLoS One. 2013;8(2):e56584.[pubmed]
Ushio M, Fukuda H, Inoue T, Makoto K, Kishida O, Sato K, Murata K, Nikaido M, Sado T,Sato Y,Takeshita M,
　　Iwasaki W,Yamanaka H,Kondoh M, Miya M, Environmental DNA enables detection of terrestrial
　　mammals from forest pond water. preprint first posted online Aug. 9, 2016 [PDF]
Ushio M, Murata K, Sado T, Nishiumi I, Takeshita M, Iwasaki W, Miya M. (2018) Demonstration of the
　　potential of environmental DNA as a tool for the detection of avian species. Sci. Rep 14;8(1) 4493.
　　[pubmed]
Yamanaka H, Minamoto T, The use of environmental DNA of ?shes as an ef?cient method of
　　determining habitat connectivity. Ecol Indic 2016;62, 147?153. [LINK]
Yamanaka H, Motozawa H, Tsuji S, Miyazawa R, Takahara T, Minamoto T (2016) On-site filtration of water
　　samples for environmental DNA analysis to avoid DNA degradation during transportation. Ecological
　　Research 31 (6), 963-967. [LINK]