evidence-baseで遺伝子を予測します。遺伝子を予測したい生物の近縁種のタンパク質配列を元に遺伝子予測します。タンパク質配列以外にもCDS配列などをもとに解析できます。
Exonerate
インストール先:
exonerate
beginner's guide:
ココ
professional guide:
ココ
Aligning a protein to genomic sequence
exonerate --model protein2genome query.fasta target.fasta |
--showquerygffのオプションでgff形式も出力する。