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Gene ontology解析GO analysis

 
GO termを得る方法はさまざまな方法がありますが,ここでは網羅的な解析についてのみお話します。

データの取得

the Gene Ontology websiteのUnfiltered FilesのUniProt [multispecies] GO Annotations @ EBIをダウンロードする。ちょっと加工して,Uniprot_IDとGO termのセットを作る。
 
その後Uniprot_IDに相当するタンパク質の配列をUniprotからダウンロードする。

ここまで,Uniprot_IDとGOのセットとUniprot_IDに相当するタンパク質配列の2つのファイルができました。

BLASTと変換

後者の配列に対しBLASTを行い,ベストヒットした配列のUniprot_IDからGO termを得る。

統計処理

fisher's exact testで有意なGO termを検出する。



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