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IGVNGSの結果を見るのに便利なビューアー

インストール先

 ここでインストールできます。日本も負けずにGenomeJackというツールを作っていますが,もうすでに遅しIGVに慣れてしまった・・今から研究していく方にはGenomeJackいいのかな?詳細はわかりませんが,日本語対応ですし。

使い方

リファレンス配列にどういう風にreadがmapされているのか,きちんと目視した方がいいです。例えば,新規の遺伝子やオルタネティブスプライシング,SNPの場所など目視した方が,具体的で理解しやすいと思います。

1. Preparation for visualization using igv
はじめに,2つのデータのindexを作る必要があります。
1つめは,tophat2によってoutput された tophat_outの中に入っているaccepted_hits.bamをsamtoolsを用いてindexをつくります。

 samtools index accepted_hits.bam
.baiファイルができたと思います。

2つめは,リファレンス配列です。これも,samtoolsを用いてindexをつくります。
 samtools faidx reference_genome.fasta
.faiファイルができたと思います。

samtoolsの詳細
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