ここでインストールできます。日本も負けずにGenomeJackというツールを作っていますが,もうすでに遅しIGVに慣れてしまった・・今から研究していく方にはGenomeJackいいのかな?詳細はわかりませんが,日本語対応ですし。
使い方
リファレンス配列にどういう風にreadがmapされているのか,きちんと目視した方がいいです。例えば,新規の遺伝子やオルタネティブスプライシング,SNPの場所など目視した方が,具体的で理解しやすいと思います。
1. Preparation for visualization using igv
はじめに,2つのデータのindexを作る必要があります。
1つめは,tophat2によってoutput された tophat_outの中に入っているaccepted_hits.bamをsamtoolsを用いてindexをつくります。
samtools index accepted_hits.bam |
.baiファイルができたと思います。
2つめは,リファレンス配列です。これも,samtoolsを用いてindexをつくります。
samtools faidx reference_genome.fasta |
.faiファイルができたと思います。
samtoolsの詳細