Jellyfishを用いたゲノムサイズの推定

jellyfish count -t 8 -C -m 25 -s 5G -o 25mer --min-quality=20 --quality-start=33 sample.fastq

jellyfish histo -o 25mer.histo 25mer

出力されたデータをエクセル等で確認し，どのくらいのdepthで読まれているが確認する。入力したデータ量を得られたdepthで割れば，ゲノムサイズが推定できる。

ゲノムDNAとミトコンドリアDNAのdepthの差を確認

ミトコンドリアDNAや葉緑体DNAは，ゲノムDNAと比較して高コピーです。そのため，上記の解析を行うとゲノムDNA由来のピークより，はるかに高いところにミトコンドリアDNAや葉緑体DNA由来のピークが得られます。ミトコンドリアDNAや葉緑体DNAをアセンブル場合，ゲノムDNAのdepthを確認して，そのデータをカットオフすることを強くオススメ致します。詳細は，velvetのページをご参照ください。

参考資料

西山さんのhomepage