リンク集link

次世代シークエンス


Bioinformatics tools and databases


大腸菌

  • PEC                          大腸菌(MG1655とW3110)の遺伝子情報が網羅
  • genome analysis project in japan        大腸菌の遺伝情報だけでなく,mRNAの発現やPPI情報など


酵母


ヒト

  • Ensembl                                ヒトを含む真核生物の遺伝情報
  • Genome Network Platform              ヒトの遺伝情報,PPI network, mRNA発現解析など


植物

  • miyakogusa.jp                                ミヤコグサのゲノム情報
  • Lotus Technical Information                    ミヤコグサなどの情報がまとまってる
  • tair                                   シロイヌナズナのデータベース


便利ツール

  • Codon usage database                        さまざまな生物のコドンの使用頻度
  • KEGG                      さまざまな生物のゲノム情報や代謝経路などの情報を網羅
  • MBGD                                      真正細菌のゲノム情報
  • compute pI/Mw                           タンパク質配列からpIやMwを計算
  • tagident tool                                pIとMwからタンパク質を検索
  • 制限酵素ナビ                            制限酵素の情報はこのサイトでOK
  • mascot search                   質量分析で得られたデータからタンパク質の同定する
  • MEROP                                   ペプチダーゼデータベース
  • PCIDB                      タンパク質の情報やアクセッションコードが調べられる


その他のサイト











inserted by FC2 system