次世代シークエンサー解析関連サイト

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データベース

• Transporter Classification Database
  トランスポーターのデータベース
• Fungal Transcription Factor Database
  真菌類の転写因子のデータベース
• Kinomer
  プロテインキナーゼのデータベース
• CAzy
  糖質分解酵素のデータベース
• MEROPS
  ペプチダーゼデータベース
• MBGD
  真正細菌のゲノム情報
• Codon usage database
  さまざまな生物のコドンの使用頻度
• Uniprot
• JGI

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バイオインフォマティクスツール

• blast2go
• DAVID
• WEGO
• DDBJ
• IGV
• Local Package Manager (lpm)
• Interproscan
• RepeatModeler
• HMMER
• CD-HIT
• DoMosaics
  タンパク質ドメイン構造の可視化
• Fastree
  系統樹の作成
• FigTree
  系統樹のviewer

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生物種別データベース

大腸菌

• PEC
  大腸菌（MG1655とW3110）の遺伝子情報が網羅
• genome analysis project in japan
  大腸菌の遺伝情報だけでなく,mRNAの発現やPPI情報など

酵母

• Saccharomyces Genome Database
  酵母の遺伝情報やPPI情報

植物

• miyakogusa.jp
  ミヤコグサのゲノム情報
• SYMbase
  ミヤコグサのゲノム情報(自作)
• Lotus Technical Information
  ミヤコグサなどの情報がまとまってる
• tair
  シロイヌナズナのデータベース
• 陸上植物の進化

ヒト

• Ensembl
  ヒトを含む真核生物の遺伝情報
• Genome Network Platform
  ヒトの遺伝情報，PPI network, mRNA発現解析など

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便利ツール

• KEGG
  さまざまな生物のゲノム情報や代謝経路などの情報を網羅
• compute pI/Mw
  タンパク質配列からpIやMwを計算
• tagident tool
  pIとMwからタンパク質を検索
• 制限酵素ナビ
  制限酵素の情報はこのサイトでOK
• mascot search
  質量分析で得られたデータからタンパク質の同定する
• PCIDB
  タンパク質の情報やアクセッションコードが調べられる

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学会関連サイト

微生物

• 日本菌学会
• 腸内細菌学会
• 日本ゲノム微生物学会
• 菌根研究会

植物

• 日本植物学会 　　　　　
• 日本植物生理学会 　　　　　
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• 植物微生物研究会 　　　　　

動物

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生態

• 日本生態学会
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• 応用生態工学会
• 日本陸水学会
• 日本微生物生態学会

その他

• 日本水産学会
• 日本水環境学会

• 日本土壌肥料学会

• ＮＧＳ現場の会

• 日本進化学会
• 日本バイオインフォマティクス学会

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お世話になった研究室や研究予算

• 群馬大学大学院工学研究科行木研究室
  修士と博士課程で所属していた研究室
• 基礎生物学研究所
  ポスドク時に所属していた研究所
• 基礎生物学研究所 共生システム部門
  ポスドク時に所属していた川口研究室
• 新学術領域研究　平成22年度採択課題　複合適応形質進化の遺伝子基盤解明
  この新学術のポスドクでした。進化学とゲノム科学が融合したとてもユニークなテーマでした。
  

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