ソフトウェアをダウンロードする。
SAMtools
その後は，それぞれcdでファイルの中にいってmakeする。
その後はPATHの追加をした方が，今後楽。
| samtools view -bS aln.sam> aln.bam |
| samtools view -h aln.bam > aln.sam |
| samtools sort aln.bam aln |
| samtools index aln.bam |
| samtools faidx ref.fa |