RepeatMasker
その他,以下のデータやソフトウェアをインストール必要があります。
Rmblast
Tandem repeat finder・・インストール後,実行権をchmodで与える。
Repeat database・・インストール後,RepeatMaskerのディレクトリ内に移動させる。
説明通りやれば,簡単にインストールできると思います。
次に,RepeatModelerをインストールする。
RepeatModeler
これもまた,いろいろインストールする必要があります。
RepeatMasker & Libraries
RECON
RepeatScout
Tandem repeat finder・・名前はtrfにする必要がある
Rmblast
こっちも,説明通りやれば,簡単にインストールできます。
使い方
BuildDatabase -name rice -engine ncbi rice_genome.fasta |
RepeatModeler -database rice |
この過程は,非常に時間がかかる。
RepeatMasker -lib consensi.fa.classified mySequence.fa |