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RepeatMasker

インストール方法

RepeatMaskerをインストールする。
RepeatMasker

その他,以下のデータやソフトウェアをインストール必要があります。
Rmblast
Tandem repeat finder・・インストール後,実行権をchmodで与える。
Repeat database・・インストール後,RepeatMaskerのディレクトリ内に移動させる。

説明通りやれば,簡単にインストールできると思います。


次に,RepeatModelerをインストールする。
RepeatModeler

これもまた,いろいろインストールする必要があります。
RepeatMasker & Libraries
RECON
RepeatScout
Tandem repeat finder・・名前はtrfにする必要がある
Rmblast

こっちも,説明通りやれば,簡単にインストールできます。


使い方


 BuildDatabase -name rice -engine ncbi rice_genome.fasta
 RepeatModeler -database rice
この過程は,非常に時間がかかる。

 RepeatMasker -lib consensi.fa.classified mySequence.fa

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