計算機サーバーを選択する上で重要なポイントをいくつかご紹介します。まず、行おうとしている作業は、たくさんCPUが必要なのか?もしくは、たくさんメモリが必要なのか把握してください。例えば、BLASTなどは特に多くのメモリは必要なく、CPUをあるだけ使用した方が迅速に作業が完了するので、分散型スパコンを使用します。一方で、ゲノムアセンブル等は別々のノードで計算できない、また大量のメモリが必要なので、共有メモリ型スパコンを使用します。また、バイオインフォで使用するソフトウェアが事前にインストールされている計算機の方が手間がかかりません。
そこで、いくつか国内で利用できる大型計算機を所有している機関をご紹介いたします。
大学・公的機関
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東工大(TSUBAME)
・
京大化学研究所
・
遺伝学研究所
・
基礎生物学研究所
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CPU |
メモリ(TB) |
東工大 |
16,800 |
0.5 |
京大化学研究所 |
3,000 |
32 |
遺伝学研究所 |
16,000 |
10 |
基礎生物学研究所 |
800 |
4 |
※一部ざっくりした値になっています。詳細は、直接リンク先でご確認ください。
企業
・アマゾン(
EC2)
企業から提供されているサーバーを使用すれば、利用申請や利用報告書などの手続きが必要ない。ただし、使用料金がが高いのが難点である。
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CPU |
メモリ(GiB) |
Linux/UNIX 料金 |
x1.16xlarge |
64 |
976 |
$6.669 /1 時間 |
x1.32xlarge |
128 |
1952 |
$13.338 /1 時間 |
※この他にストレージ拡張の料金が発生する。
※バイオインフォで使用するソフトウェアは、インストールされていない。