ダウンロード：アカデミックの人で，登録すれば使えます。
マニュアル

signalp -f short -t euk input.fasta > output.txt

-f short | long | all |summary : データの詳しさ
-t euk | gram+ | gram- : 対象の生物種

使う前に，signalpプログラムの中身を一部変更する必要があります。
詳細は，readme内に書かれています。