１．mapping

Preparation for mapping

bowtie2-build reference_genome.fasta reference_genome.fasta

Mapping

bowtie2 [options]* -1 data_R1.fasta -2 data_R2.fasta > output.sam

使い方の詳細

２．samtoolsを用いて，sam fileをbam fileに変換します。

samtools view -bS aln.sam> aln.bam

samtoolsの使い方でも紹介しました。

３．Calling SNPs

これを行う前に，samtoolsをダウンロードした時に一緒にフォルダに入っているbcftoolsをインストールします。makeだけでいけたと思います。その後パスを通して以下のコマンドを打てばOKです。

samtools mpileup -uf ref.fasta aln1.bam | bcftools view -bvcg - > var.raw.bcf

bcftools view var.raw.bcf | vcfutils.pl varFilter -D100 > var.flt.vcf

-D100のオプションはかなりきつい条件です。カバレッジ100と言う意味なので，自分がどのくらいのカバレッジで
リシークエンスしたのか，考えて変えていってください。

4. SNPsの場所の配列確認

samtools mpileup -l var.flt.vcf -f ref.fasta aln1.bam> target.txt

記号	記号の意味
.	純鎖 リファレンスと一致
,	逆鎖 リファレンスと一致
A, C, G, T, N	純鎖 リファレンスと不一致
a, c, g, t, n	逆鎖 リファレンスと不一致
+数字(数字と同数のACGTNまたはacgtn)	挿入部位 ,+1a: 逆鎖に"a"が1塩基挿入"
-数字(数字と同数のACGTNまたはacgtn)	欠損部位 +1A: 純鎖"A"が1塩基欠損
^とその後の一文字	リードの開始位置とマップ品質値 ^~は"~"文字がASCIIコードの126番目なので、126-33=93がマップ品質値。
$	リードの終了
*	短い欠損の最中 近傍に2以上の欠損があり、近傍の欠損に含まれる場合。例えば-2ATの次の位置には"*"が含まれる
< >	長い欠損

参考資料

samtools manual