ここからインストールを行います。

使い方

Step1

SOAPdenovo2 pregraph -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix 1>pregraph.log 2>pregraph.err

Step2

SOAPdenovo2 contig -g graph_prefix -R 1>contig.log 2>contig.err

Step3

SOAPdenovo2 map -s config_file -g graph_prefix 1>map.log 2>map.err

Step4

SOAPdenovo2 scaff -g graph_prefix -F 1>scaff.log 2>scaff.err

使い方　ーメタゲノムの場合ー

Step1

SOAPdenovo2 sparse_pregraph -s config_file -K 63 -z 5000000000 -R -o graph_prefix 1>pregraph.log 2>pregraph.err

Step2

SOAPdenovo2 contig -g graph_prefix -R 1>contig.log 2>contig.err

Step3

SOAPdenovo2 map -s config_file -g graph_prefix 1>map.log 2>map.err

Step4

SOAPdenovo2 scaff -g graph_prefix -F 1>scaff.log 2>scaff.err