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Stacks

インストール

ここでダウンロードします。

使い方1 (Reference-based analysis, population)

リファレンスゲノムがある場合にpopulaion解析を行うには,ref_map.plを使用します。

前提として,得られたリードをリファレンスゲノムにマッピングする必要があります。
Bowtie2を用いたmapping方法は,こちらを参照してください。

次に,population mapを作成します。
例)
sample1<tab>wild_tpye
sample2<tab>wild_tpye
sample3<tab>wild_tpye
sample4<tab>mutant
sample5<tab>mutant
sample6<tab>mutant


mappingして得られたsam形式のデータをref_map.plに読み込ませます。
ref_map.pl -m 3 -T 8 -b 1 -S -i 1 -o staks -s sample1.bam -s sample2.bam -s sample3.bam ...

メモリが足りないと,populationでエラーが起きます。
その時は,別途populationだけ計算する必要があります。
 population


使い方2 (Reference-based analysis, Genetic Mapの作成)

遺伝子地図を作成する場合は,以下のようなコマンドラインです。最後にgenotypesが実行されますが,遺伝子地図作成にjoinmapやonemap,rqtlを使用する場合は,別途genotypesを行う必要があります。

 ref_map.pl -m 3 -T 8 -b 1 -S -i 1 -o staks -p sample1.bam -p sample2.bam -r sample3.bam ...
オプション
p: 親のマッピングデータ
r: F2個体のマッピングデータ

joinmap形式で出力する場合
 genotypes -P stacks -b 1 -t F2 -c -o joinmap -s -r 3
オプション
-t: CP, F2, BCなどが選択可能
-r: ジェノタイピングできた個体の最低数のみ出力

使い方(de novo, Genetic map)

リファレンスゲノムがない場合は,denovo_map.plを使用します。
denovo_map.pl -m 3 -T 8 -b 1 -S -o stacks -p sample1.fastq -p sample2.fastq -r sample3.fastq ...

その他


少し違う方法ですが,こちらにも詳しく書かれています。


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