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シークエンスの長さが60bp以上の場合
プログラムの中をみると，60bp以上の場合，改行するように書かれています。
しかしながら，fastq形式では配列を途中で改行することは許されていません。
なので，一部を書き換える必要があります。
input.c内に四か所あるので，変更してください。
if(j ==60){
↓
if(j ==101){
その後，私の場合，makeすると，以下のようなエラーメッセージが出ました。
---
gcc -O9 -Wall -c input.c
error: invalid value '9' in '-O9'
make: ***
[input.o] Error 1
----
なので，Makefileの一部分を以下のように変更したところ，makeすることができました。
CFLAGS = -O9 -Wall
↓
CFLAGS = -Wall
その後，
install
でインストールできます。
使い方
| tagdust adapter.fasta input.fastq -fdr 0.05 -o output.clean.fastq
-a output.artif.fastq |
アダプター配列を含むリード全体を除く。アダプター配列は fasta 形式で入力する。
adaptor.fastaは，ライブラリー作成法によって，異なります。illumina試薬の場合は，
こちらを参照下さい。
-o アダプター配列が除かれた配列
-a アダプター配列を含む（指定しなくても可）