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Taxonomy IDを使った生物種の分類方法

1. BLASTをおこなう


nr もしくは ntを使って,BLASTを行いgi番号を得る。

2.gi番号をtaxonomy IDに変換する


このサイトから,gi_taxid_prot.dmpをダウンロードする。
このデータは,giとtaxidの2列からなる。

UNIXコマンドを使って,giからtaxidに変換する。

3.taxonomy IDからtaxid lineageを得る


taxidをこのサイトを使って,lineageを取得する。full taxid lineageをチェック

4.Taxonomy IDから生物種を分類


例えば,
2759: Eukaryota 真核生物
33090: Viridiplantae 緑色植物亜界
4751: Funji 真菌類

より詳細な生物種の分類も可能です。

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