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TophatA spliced read mapper for RNA-Seq

 スプライスジャンクション予測ツール。ゲノムDNAにRNA−Seqで得られたリードをイントロンを予測してマップする。BWAやBowtieでは張り付かないリードが張り付けられる。プログラム上Bowtieでまず張り付けて,張り付いたまわりにイントロンがあると予測してマップしていると考えられる。速度はその分一番遅い。

Tophatの使い方とその後の解析についてTrapnell et al. (2012) Nat Protocで報告されました。(2012/3/24)

インストール方法

ここでダウンロードする。
マニュアルには./configure, makeすると書いてあるがその必要はない。tophatをPATHを通すだけで十分

使い方


bowtie2-bulidでレファレンスのインデックスを作る
 bowtie2-build reference_genome.fasta reference_genome.fasta

・paired endの場合
 tophat [options] reference_genome.fasta read_R1.fastq read_R2.fastq
#オプション
#p:コア数
#I:最大インサート
#r:ペアリードとの距離


参考資料

manual

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