ここでインストールする
使い方（paired-endリードの場合）
データセットの構築
| velveth output_directory hash_length fasta shortPaired R1.fastq R2.fastq |
hash_lengthは、パリンドロームを避けるため奇数にしなければなりません。
アセンブル
1.核ゲノムのアセンブル
| velvetg output_directory/ -ins_length 500 -exp_covf 100 |
k-mer解析を行い、depthを計算します。そこから期待すべきdepthをインプットします。
2.ミトコンドリアや葉緑体ゲノムのアセンブル
| velvetg output_directory/ -ins_length 500 -exp_cov 1600 -cov_cutoff
100 |
1.とは逆にコピー数の多いミトコンドリや葉緑体ゲノムをアセンブルする場合、核ゲノムのdepthでカットオフしてしまい、期待すべきdepthを上げる方法が用いられます。
参考資料
Velvet Manual