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KEGGKyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

データのダウンロード方法

まずは,ここから解析したい生物のIDを知りましょう。

例として,ヒトのデータをダウンロードします。
はじめに,ヒトの遺伝子名と代謝経路の関係を知りましょう。
 curl http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa > hsa1.txt

hsa1.txt
hsa:10327 path:hsa00010
hsa:124 path:hsa00010
hsa:125 path:hsa00010
hsa:126 path:hsa00010
hsa:127 path:hsa00010
hsa:128 path:hsa00010
hsa:130 path:hsa00010
hsa:130589 path:hsa00010
hsa:131 path:hsa00010
hsa:160287 path:hsa00010
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上にあるように,hsa:10327, hsa:124などの遺伝子がpath:hsa00010の代謝系路に関与しているということが分かります。次に,path:hsa00010は,どこの代謝系なのか調べます。

 curl http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa > hsa2.txt

hsa2.txt
path:hsa00010 Glycolysis / Gluconeogenesis - Homo sapiens (human)
path:hsa00020 Citrate cycle (TCA cycle) - Homo sapiens (human)
path:hsa00030 Pentose phosphate pathway - Homo sapiens (human)
path:hsa00040 Pentose and glucuronate interconversions - Homo sapiens (human)
path:hsa00051 Fructose and mannose metabolism - Homo sapiens (human)
path:hsa00052 Galactose metabolism - Homo sapiens (human)
path:hsa00053 Ascorbate and aldarate metabolism - Homo sapiens (human)
path:hsa00061 Fatty acid biosynthesis - Homo sapiens (human)
path:hsa00062 Fatty acid elongation - Homo sapiens (human)
path:hsa00071 Fatty acid degradation - Homo sapiens (human)
path:hsa00072 Synthesis and degradation of ketone bodies - Homo sapiens (human)
path:hsa00100 Steroid biosynthesis - Homo sapiens (human)
path:hsa00120 Primary bile acid biosynthesis - Homo sapiens (human)
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上にあるように,path:hsa00010は解凍系に相当します。

遺伝子の配列が取得したい場合は,以下のURLからダウンロードできます。
 curl http://rest.kegg.jp/get/hsa:10327/ntseq > hsa1.fasta

hsa1.fasta
 
>hsa:10327 AKR1A1, ALDR1, ALR, ARM, DD3, HEL-S-6; aldo-keto reductase family 1, 
member A1 (aldehyde reductase) (EC:1.1.1.2); K00002 alcohol dehydrogenase (NADP+) 
[EC:1.1.1.2] (N)
atggcggcttcctgtgttctactgcacactgggcagaagatgcctctgattggtctgggt
acctggaagagtgagcctggtcaggtaaaagcagctgttaagtatgcccttagcgtaggc
taccgccacattgattgtgctgctatctacggcaatgagcctgagattggggaggccctg
aaggaggacgtgggaccaggcaaggcggtgcctcgggaggagctgtttgtgacatccaag
ctgtggaacaccaagcaccaccccgaggatgtggagcctgccctccggaagactctggct
gacctccagctggagtatctggacctgtacctgatgcactggccttatgcctttgagcgg
ggagacaaccccttccccaagaatgctgatgggactatatgctacgactccacccactac
aaggagacttggaaggctctggaggcactggtggctaaggggctggtgcaggcgctgggc
ctgtccaacttcaacagtcggcagattgatgacatactcagtgtggcctccgtgcgtcca
gctgtcttgcaggtggaatgccacccatacttggctcaaaatgagctaattgcccactgc
caagcacgtggcctggaggtaactgcttatagccctttgggctcctctgatcgtgcatgg
cgtgatcctgatgagcctgtcctgctggaggaaccagtagtcctggcattggctgaaaag
tatggccgatctccagctcagatcttgctcaggtggcaggtccagcggaaagtgatctgc
atccccaaaagtatcactccttctcgaatccttcagaacatcaaggtgtttgacttcacc
tttagcccagaagagatgaagcagctaaatgccctgaacaaaaattggagatatattgtg
cctatgcttacggtggatgggaagagagtcccaagggatgcagggcatcctctgtacccc
tttaatgacccgtactga

また,KEGG Orthology (KO)を取得したいときは,以下のURLからダウンロードできます。
 curl http://rest.kegg.jp/link/ko/hsa > hsa3.txt

hsa3.tx
hsa:578 ko:K14021
hsa:9373 ko:K14018
hsa:9344 ko:K04429
hsa:5894 ko:K04366
hsa:673 ko:K04365
hsa:5607 ko:K04463
hsa:5598 ko:K04464
hsa:9020 ko:K04466
hsa:51701 ko:K04468
hsa:4790 ko:K02580
hsa:4791 ko:K04469
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KEGG mapper

得られた遺伝子名とKOをここに入れて,実際どこの代謝なのか確認してみましょう。



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