NGSから配列データを取得したら、リードのクオリティを確認します。一般的に3’末端になるほどクオリティが減少します。また、リード1よりリード2の方がその減少が大きいです。あまりにも、クオリティが低いとゲノムに対するマッピングや配列のアセンブル作業等に支障をきたします。

fastQC

インストール先：ここ

・雑ver

fastqc [fastq_file]

・まじめver

fastqc -t [core_number] [fastq_file] -o [directory]