ジョブ管理・制御 コマンド
以下のコマンドが使えれば，ジョブ管理システムを使用できるかと思います。
詳細な説明はman コマンドで説明が見る事もできます。
qsub
- ジョブを投入 qsub script_filename.sh
※投入するシェルにジョブ管理システムのオプションを明記する必要があります。例えば、CPU数の指定やキューの選択など
qstat
ジョブを投げた後、きちんと実行されているか「qstat」で確認を行います。きちんと実行されていれば、statの欄がrになっていると思います。他のユーザーなので空きがない場合はqwになります。
- ジョブの状態を表示 qstat
- すべてのユーザーのジョブ表示 qstat -u '*'
【state】
r: 実行中
qw: 待機中のジョブ（実行可能な状態）
h: ホールド状態（qrlsで実行再開）
d: 削除中
t: 移動中
s: 一時停止状態
S: ジョブが所属するキューが一時停止している状態
T: キューの制限が越えたため一時停止している状態
R: 再スケジュ―リングされたジョブ
E: エラー状態
qdel
投げたジョブに問題があった場合は、投げたジョブを「qdel」で削除します。qstatでジョブのIDを確認した後で、削除して下さい。
qhost
qsubの主なオプションーSunGridEngine (SGE)ー
| オプション |
説明 |
| #$ -q queue_name |
キューを指定してジョブを実行 |
| #$ -o filename |
出力結果を指定したファイルに保存 |
| #$ -e filename |
エラー結果を指定したファイルに保存 |
| #$ -cwd |
qsubした時のディレクトリに移動してジョブを実行 |
| #$ -V |
現在の環境を引き継ぐ |
| #$ -v 環境変数 |
環境変数をジョブに渡す |
| #$ -N job_name |
ジョブ名を指定する |
| #$ -s shell_name |
ジョブスクリプトを指定したシェルで実行 |
| #$ -a MMDDhhmm |
ジョブの開始日時を指定 |
| #$ -l resource_name 値 |
ジョブが使うリソース量を指定 |
| #$ -pe PE_name プロセス数 |
並列ジョブを実行する場合の環境と並列数を指定 |
| #$ -t 開始番号-終了番号 |
アレイジョブを実行 |
例１．デフォルト
#/bin/sh
#$ -cwd
#$ -V
bowtie2 ref.fasta -1 R1.fastq -2 R2.fastq |
最低限、上記のようなオプションを入れないとエラーが起きる可能性があります。
例2．キューを指定して実行する。使用するCPU数を指定する。
#/bin/sh
#$ -q thin
#$ -cwd
#$ -V
bowtie2 ref.fasta -1 R1.fastq -2 R2.fastq |
qsubの主なオプションーPortable Batch System (PBS)ー
京大化研
http://www.scl.kyoto-u.ac.jp/Attention/batch_op.html
ZFSファイルシステム
ZFSファイルシステムには、スナップショット機能が備わっている。スナップショット機能は、変更や削除したファイルを過去に遡って参照したり、復元できる機能です。root権限は、以下のコマンドでファイルシステムを削除などすることができます。
ファイルシステムのSnapshot一覧を表示
ファイルシステムの削除
| zfs destroy zfs/home@zfs-auto-snap_weekly-2017-07-26-1904 |