インストール方法
ここでダウンロードして下さい。
「Download package with graphical front end」と「Download package without front
end」があります。
「Download package with graphical front end」の方が分かりやすいですが、並列計算できず、時間がかかります。
また、以下のサイトでも紹介されています。
・How to STRUCTURE
http://noah.ees.hokudai.ac.jp/envmi/lab_higashi/manual/structure.html
・Tutorial of the STRUCTURE software
http://pbgworks.org/sites/pbgworks.org/files/Tutorial%20of%20STRUCTURE%20software.pdf
なので、このサイトでは、「Download package without front end」を紹介します。
解凍すれば、特にインストールする必要はありません。
解析方法
・集団数K=3、マーカー数L＝2569、個体数N=20の時
| structure -m mainparams -e extraparams -K 3 -L 2569 -N 20 -i input_file.txt
-o output_file.txt |
mainparamsとextraparamsは、解凍後のファイル内に入っているので、それを編集する。
BURNIG、NUMREPS、MISSINGなど少し編集するべきところが存在する。
BURNIGとNUMREPSは、以下のように人によってバラツキがあるが、個人的にはDさんぐらいで実行した法が良いと感じている。
| |
BURNIG |
NUMREPS |
| Aさん |
5,000 |
50,000 |
| Bさん |
10,000-100,000 |
| Cさん |
10,000 |
50,000 |
| Dさん |
10,000 |
20,000 |
最適な集団数Kは？
Kが最適な値になるとき、対数尤度Ln P(D)はプラトーに達して、Kの間で高い相違を示す(Rosenberg et al., 2001)。
Ln P(D)の差から計算される⊿Kという指標を用いた方がいい(Evanno et al. 2005)。
参考文献
Evanno et al. (2005), Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. Molecular Ecology 14: 2611-2620. [
PDF]