インストール先
マニュアル
ここ
データベースの作成
| usearch -makeudb_usearch db.fasta -output db.udb |
UPARSE commands
usearchを用いてもQiimeっぽい解析をすることは可能です。
デ
レプリケーション
| usearch -derep_fulllength reads.fa -output derep.fa -sizeout |
頻度によるソートとsingletonsの削除
| usearch -sortbysize derep.fa -output sorted.fa -minsize 2 |
OTUクラスタリング
| usearch -cluster_otus sorted.fa -otus otus1.fa -relabel OTU_ -sizeout
-uparseout results.txt |
reference databaseを使ったキメラのフィルタリング
| usearch -uchime_ref otus1.fa -db $d/gold.fa -strand plus -nonchimeras
otus.fa |
OTUにリードをmapする
| usearch -usearch_global reads.fa -db otus.fa -strand plus -id 0.97
-uc map.uc |
OTUの生物種の割り当て
| usearch -utax otus.fa -db rdp_16s -strand both -taxconfs rdp_16s_short.tc
-utaxout tax.txt |
OTUテーブルの作成
| python ~/py/uc2otutab.py map.uc > otu_table.txt |